除了溶劑，一些被萃取物本身能吸收微波，故選用同樣的溶劑，有微波輻照的提取和傳統的提取，其提取選擇性是不同的(即提出液所含成分不同)。實際應用中，微波協助萃取所用溶劑待實際考察。
微波在樣品中的傳播有反射性，故待提取樣品的形狀、粒度要影響對微波的吸收，加熱效果。
微波進入樣品后，能量被逐漸吸收，場強和功率要衰減，其衰減程度可用半功率穿透深度D1/2(功率減弱到表面處功率的一半時對應的距離)描述，
D1/2=3λ0 / (8.686π tanδ)
(式中，λ0為所用電磁波的波長， 為被輻射物的相對介電常數，Tanδ為損耗角正切)
Tanδ愈大，則D1/2愈小，故對于易吸收微波的被萃取物樣品，用量不能太大，否則因半功率穿透深度小，中間的部分沒有受到微波輻射，中間的部分是通過傳統方式受熱的。
由于存在微波功率衰減的問題，微波協助萃取時，微波功率選擇得恰當亦很重要。選大了，浪費功率；選小了，樣品加熱不夠，內部靠傳統方式受熱。
總之，要注意靠實驗選擇上述這些條件。
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